Коротко

Все относительно просто, достаточно запустить скрипт с включенным флагом xdebug.remote_autostart. Делается это так:

php -dxdebug.remote_autostart=On script.php

Также можно включить глобальный режим отладки, определив переменную окружения XDEBUG_CONFIG="idekey=netbeans-xdebug"

Теперь в текущей bash-сессии все вызовы php script.php будут вызываны в отладочном режиме.

Решение

Теперь осталось все это дело красиво оформить, добавляем в ~/.bashrc

alias php-debug="php -dxdebug.remote_autostart=On"
alias php-debug-enable="export XDEBUG_CONFIG=\"idekey=netbeans-xdebug\""
alias php-debug-disable="export -n XDEBUG_CONFIG"

Перезагружаем сессию или вызываем source ~/.bashrc и теперь можно использовать php-debug - запуск скрипта в отладочном режиме php-debug-enable и php-debug-disable - включение и выключение глобального отладочного режима

Пример использования:

php script.php 
php-debug script.php 
php-debug-enable
php script1.php
php script2.php
php script3.php
php-debug-disable

Дополнительно

  1. В алиасе php-debug-enable не забудьте убедиться, что в настроена на аналогичный ключ.
  2. Если в PHPStorm указать пустой IDEKEY, то среда будет перехватывать все xdebug вызовы, что в целом неплохо, можно не заморачиваться в поводу значения ключа (собственно, по умолчанию оно и является пустым).